Malaria Genetics & Genomics

PubMed

Entrez

BLAST

OMIM

Taxonomy

Structure

Home General Info MGP Info Data Release What's New Features Meetings Site Search Plasmodium vivax Rodent Malaria Maps & Markers Genetic Maps Optical Maps Segregation Data Markers Electronic PCR Sequence Data BLAST GenBank BLAST Custom BLAST Enter Request ID Tutorial Epidemiology Taxonomy Tools Literature Search Research Projects Malaria Links Credits/Contacts FTP Access

GenBank BLAST [An Overview] Select an organism/keyword to search: P. falciparum [ORGN] P. yoelii [ORGN] An. gambiae [ORGN] Ae. aegypti [ORGN] All Plasmodium [ORGN] All Toxoplasma [ORGN] P. falciparum (Keyword) All Plasmodium (Keyword) All Toxoplasma (Keyword) Select a GenBank division(s) to search [About the Databases]: nr (nonredundant) All Divisions of GenBank except below. EST (Expressed Sequence Tags) Go to dbEST in GenBank GSS (Genomic Survey Sequences) Go to dbGSS in GenBank STS (Sequence Tag Sites) Go to dbSTS in GenBank HTGS (High Throughput Genome Sequence) Go to HTGS in GenBank All (nr, EST, GSS, STS, HTGS) [Recommended] Select a BLAST program: blastn (DNA vs DNA) tblastn (protein vs transl. DNA) tblastx (transl. DNA vs transl. DNA) Program Enter your sequence in the text area below as an accession, gi, or a sequence in FASTA format: [About FASTA] The query sequence is filtered for low complexity regions by default. View results in a separate window. Perform ungapped alignment. Advanced options for the BLAST server: Expect   Filter   0.0001 0.01 1 10 100 1000   Low complexity     Human repeats   Mask for lookup table only    Matrix      Gap existence cost   Per residue gap cost   Lambda ratio    PAM30                            9                            1                                0.87      PAM70                          10                            1                                0.87      BLOSUM80                  10                            1                                0.87      BLOSUM62                  11                            1                                0.85   default    BLOSUM45                  14                            2                                0.87   ---------------------------------------------------------    PAM30                          7                            2                                0.90      PAM30                          6                            2                                0.86      PAM30                          5                            2                                0.77      PAM30                        10                            1                                0.91      PAM30                          9                            1                                0.87   recommended    PAM30                          8                            1                                0.79   ---------------------------------------------------------    PAM70                          8                            2                                0.91      PAM70                          7                            2                                0.86      PAM70                          6                            2                                0.80      PAM70                        11                            1                                0.92      PAM70                        10                            1                                0.87   recommended    PAM70                          9                            1                                0.80   ---------------------------------------------------------    BLOSUM80                    8                            2                                0.90      BLOSUM80                    7                            2                                0.86      BLOSUM80                    6                            2                                0.79      BLOSUM80                  11                            1                                0.92      BLOSUM80                  10                            1                                0.87   recommended    BLOSUM80                    9                            1                                0.81      BLOSUM80                  20                            3                                1.00      BLOSUM80                  25                            2                                1.00   ---------------------------------------------------------    BLOSUM62                    9                            2                                0.90      BLOSUM62                    8                            2                                0.83      BLOSUM62                    7                            2                                0.77      BLOSUM62                  12                            1                                0.88      BLOSUM62                  11                            1                                0.85   recommended    BLOSUM62                  10                            1                                0.79      BLOSUM62                  20                            3                                1.00      BLOSUM62                  25                            2                                1.00   ---------------------------------------------------------    BLOSUM45                  13                            3                                0.91      BLOSUM45                  12                            3                                0.89      BLOSUM45                  11                            3                                0.84      BLOSUM45                  10                            3                                0.79      BLOSUM45                  15                            2                                0.90      BLOSUM45                  14                            2                                0.87   recommended    BLOSUM45                  13                            2                                0.83      BLOSUM45                  12                            2                                0.77      BLOSUM45                  19                            1                                0.91      BLOSUM45                  18                            1                                0.88      BLOSUM45                  17                            1                                0.85      BLOSUM45                  16                            1                                0.80   --------------------------------------------------------- Other advanced options: These items are needed only for formatting. If you want to change them, you may do so now or when you request your results. NCBI-gi Graphical Overview Alignment view Pairwise query-anchored with identities query-anchored without identities flat query-anchored with identities flat query-anchored without identities Get ASN.1 for SeqAnnot Get ASN.1 for the Blast Object HTML Plain text ASN.1 XML Descriptions 0 10 50 100 250 500   Alignments 0 10 50 100 250 500 The BLAST server may be very busy during the weekday, resulting in delays for users. The email option allows a user to receive the results quickly in a convenient form. Send reply to this Email address: Comments and suggestions to: [blast-help@ncbi.nlm.nih .gov] Credits and Contact Information Revised: June 20, 2003 Disclaimer | Write to the Help Desk NCBI | NLM | NIH